Los usuarios de Rutas Solidarias son seleccionados mediante un proceso de focalización que tiene tres etapas:
Entre los años 2012 y 2015 Rutas Solidarias enfocó su intervención en la atención de alumnos de 5.° y 6.° grado de primaria y de todos los grados de secundaria de instituciones educativas de los quintiles 1, 2 y 3 de pobreza, así como de aquellas instituciones ubicadas en el VRAEM y zonas de frontera.