Cada dirección regional de educación o unidad de gestión educativa local (DRE/UGEL) cuenta o debe contar con personal encargado del manejo del sistema, el cual es designado por el Director. Este personal es responsable del registro y actualización de la información correspondiente a su jurisdicción.

A nivel del Minedu, la Dirección Técnico-Normativa de Docentes (DITEN) es la encargada de la administración del sistema NEXUS, de su instalación en los equipos de cómputo, así como de la capacitación con el personal designado; sin embargo, solo supervisa la ejecución de las acciones relacionadas con el personal docente. La Dirección de Fortalecimiento de la Gestión Escolar (DIF) supervisa la ejecución de las acciones del personal administrativo en las instituciones educativas de educación básica y la Dirección de Fortalecimiento de Capacidades (DIFOCA) se encarga de lo correspondiente al personal administrativo de las sedes administrativas.